「原住民族自治」誠為當今原住民族社會最具高度共識的政治訴求；同時亦是行政、立法二院耗時15年，投入無數時間、人力仍未能完成三讀的重大法案。
揆諸迄今未能順利通過原因；或因受限臺灣土地有限，人口稠密，自治空間劃設及財政分配不易，或因近年臺灣政治競爭轉劇，理性討論原住民族合理自治之各種策略與選項契機已失。近日部分團體針對「原住民族自治推動條例」提出若干質疑即是一例。原住民族委員會特別聲明強調：「『原住民族自治推動條例』是階段性推動原住民族邁向自治之程序方案，是多年來推動自治立法經驗，原住民族社會各界彙集共識，擇定的最佳策略。建議疑者確實瞭解法案內容，同心協力使自治早日起步，毋讓族人期望再次落空。」
原民會表示，原住民族自治推動歷經15年，堪稱原住民族權利法制中最艱鉅之政治工程。民國90年代前期政府曾經提出過15、16條版的「原住民族自治區法」草案，卻遭到原住民族社會嚴厲批判為毫無作用之宣示性草案。有鑑於此，民國90年代後期政府變更內容提出具實質規範的83條版「原住民族自治法」草案，但部分人士卻提出應在臺灣有限土地上，劃設16族自治空間，與地方政府並立分配中央統籌分配稅款等高度爭議，實踐困難之少數條文，致使整部草案功虧一簣。
原民會指出，為化解各界疑慮，該會與各民族議會、原住民族社會團體及學者專家等再次共同討論，並提報行政院原住民族基本法推動會決議，改採階段性方案推動民族自治；經送請立法院審查並由全體原住民族立法委員共同參與黨團協商後，修正為29條版的「原住民族自治推動條例」草案，期以5年期間，成立各族自治政府，累積實施自治經驗後，由中央制定最終版的「原住民族自治法」。
原民會強調，原住民族自治推動條例草案之研擬過程，已經過原住民族社會多次討論，多數學者專家、民族議會代表、原住民律師等出席者，也均表達是值一步到位，完成最終自治法版本困難重重之際，現行所擬之條例草案絕對符合多數原住民族期待先循階段性推動，早日起步的最高目標與共識。
原民會特別指出，該條例草案通過後，各族得以成立各族族區政府，在享有權限、人力與財政支援並賦予「部落」公法人地位下，與各級政府平等協商，並將協商結論納入未來終極版本之「原住民族自治法」中，以建構經實證後，有實質空間、完整權限、健全組織及充足財政內涵並符合民族意願之民族自治制度。
原民會最後表示，「原住民族自治推動條例」是階段性推動原住民族自治之程序方案，不是最終版的自治制度；既然各界對於原住民族自治之最終目標大多相同，懇切呼籲捐棄成見，同心協力使民族自治早日起步。
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